tips

1. 下载并保存GEO数据

   library(GEOquery)
   GSE_name = 'GSE111229'
   options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) 
   gset <- getGEO( GSE_name, getGPL = F )
   save( gset, file = 'gset.Rdata' )
   

2. 加载GEO数据

   gset包含下载的所有信息

   由于gset是列表，故将其转为可操作的数据结构Gset

   load("gset.Rdata")
   Gset <- gset[[1]]
   

3. 用GEO query里的pdata函数获取样本信息

   pdata<-pData(Gset)
   class(pdata)
   View(pdata)
   

4. 用dim查看行列

   dim(pdata)
   colnames(pdata)
   

在GEO数据库中，进入sample,输入GEO号，search一下，导出csv文件！