cutadapt软件对测序数据去接头

对测序数据进行QC,就三个大的方向:Quality trimming, Adapter removal, Contaminant filtering

cutadapt是经典的python软件,
安装:sudo pip install cutadpat
if error,可以自己去下载cutadapt的源码,然后进入源码文件夹里面 python setup.py install –user 到自己的 ~/.local/bin下面。
or, 用conda安装了cutadapt软件